A Pós-graduação stricto sensu da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo possui 27 programas de pós-graduação nos níveis de Mestrado Acadêmico, Mestrado Profissional e Doutorado, voltados à formação de pesquisadores e docentes de ensino superior, aceitando candidatos graduados em cursos reconhecidos pelo Ministério da Educação.

Implantada em 24 de fevereiro de 1970, a área de Pós-graduação na Faculdade de Medicina atende ao dispositivo da Portaria GR USP 885, de 25 de agosto de 1969, que autoriza o funcionamento dos cursos de mestrado e doutorado da USP. O departamento de Clínica Cirúrgica inaugurou o primeiro programa de Pós-graduação a entrar em vigor, em 21 de fevereiro de 1972. As primeiras titulações ocorreram em 1976. Desde então, a FMUSP já titulou mais de 3.900 mestres e 6.000 doutores, número que cresce permanentemente. A esse total, devemos acrescentar 633 alunos que receberam seus títulos de doutorado antes da reestruturação do sistema iniciado em 1972, nos moldes que conhecemos hoje.

A Pós-graduação tem aproximadamente 600 orientadores e mais de 1800 alunos, distribuídos em 27 programas, e é fonte importante de produção científica, com publicações em periódicos de alto impacto em nível nacional e internacional. É também responsável pela formação de grande número de pesquisadores e docentes da área da saúde no Brasil.

Nossos programas são pontuados com conceitos 5, 6 e 7 (considerados como muito bom e excelente) pela Coordenadoria de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes), agência de fomento federal que avalia todos os programas de pós-graduação do Brasil.

Algumas ações têm fortalecido ainda mais os programas de Pós-graduação da FMUSP, como a união de programas afins. Em 2006 foi criado o programa de Ciências Médicas, que agregou diferentes áreas do conhecimento, como Hematologia, Emergências Clínicas e Reumatologia. Em 2011, os programas de Cirurgia do Aparelho Digestivo e o de Gastroenterologia Clínica foram unidos para formar o programa de Ciências em Gastroenterologia e em 2016 criou-se o programa de Ciências do Sistema Musculoesquelético com docentes de Reumatologia e de Ortopedia e Traumatologia. Ações como essas aperfeiçoam o sistema, tornando-o mais simples e eficiente.

Em 2015 a Comissão de Pós-graduação da FMUSP criou seu primeiro programa de Pós-graduação na modalidade de Mestrado Profissional, voltado às Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde, dentro da área de concentração de Doenças Infecciosas e Parasitárias. Atualmente contamos com mais três cursos de Mestrado Profissional: Inovação Tecnológica e Processos Assistência Perioperatórios; Terapia Ocupacional e Processos de Inclusão Social e Inovação e Avaliação de Tecnologias em Cancerologia.

A Pós-graduação da FMUSP busca recursos financeiros para bolsas e projetos de pesquisa em várias fontes, como Capes, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Fundação de Amparo à Pesquisa de São Paulo (FAPESP). A FMUSP realizou os investimentos necessários em tecnologia, para que defesas de dissertações e teses possam ser realizadas com membros não presenciais, o que facilita o aumento do número de membros internacionais na avaliação de nossos trabalhos de conclusão.

Estimulamos a criação de disciplinas bilíngues para funcionar como agentes facilitadores ao recebimento de alunos estrangeiros, além de proporcionar aos estudantes da FMUSP maior exposição a outros idiomas, fomentando a criação de ambiente internacional.

Os programas de doutorado "sanduíche" e de dupla titulação contribuem de maneira significativa ao fomento à internacionalização na Faculdade. As adequações físicas, estruturais e de equipamentos permitem que se realize o ensino a distância, com a participação de professores e pesquisadores do exterior, atendendo às demandas de internacionalização.

A Pós-graduação da FMUSP possui parcerias com importantes instituições de pesquisa e ensino do mundo, produzindo desta forma ciência de impacto internacional. É importante ressaltar as alianças com instituições da América Latina, o que constitui ação solidária e cooperativa, visando ao fomento da produção acadêmica regional, que contribui para a formação de professores e pesquisadores de excelência nesse elenco de países.