Principal vocação da FMUSP na extensão, há uma série de atividades de assistência que envolvem o quadro de docentes, alunos e funcionários do complexo, relacionadas especialmente ao seu renomado hospital escola, o Hospital das Clínicas, além das diversas atividades ligadas ao Hospital Universitário, ao Centro de Saúde Escola Samuel B. Pessoa, ao Ambulatório Departamento –Centro de Docência e Pesquisa do Departamento de Fisioterapia, Fonoaudiologia, Terapia Ocupacional-, Instituto do Câncer de São Paulo e outros serviços relacionados, como o Hospital Cotoxó e Instituto de Tratamento do Câncer Infantil.

Trabalhos assistenciais são também desenvolvidos diretamente em comunidades, como as atividades do Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias em Santarém, do Departamento de Pediatria, nas aldeias indígenas de Morro da Saudade e Krucutu; da Liga de Pediatria Social, na Comunidade Assunção; do Departamento de Medicina Preventiva na Liga de Saúde da Família, do Butantã, entre outros.