A assistência e a educação em saúde, combinadas à pesquisa e à assessoria técnica, caracterizam alguns dos projetos especiais desenvolvidos pela Unidade. Destaca-se, entre eles, a já tradicional Bandeira Científica, que leva anualmente dezenas de docentes e alunos de medicina e de outros cursos da saúde a comunidades carentes por todo o Brasil, onde permanecem por cerca de 15 dias em intensa atividade, com exames de saúde, palestras para a população, reciclagem de profissionais de saúde e coleta de dados para pesquisas.
Também cabe lembrar o expressivo e crescente envolvimento da unidade no programa Universidade Aberta à Terceira Idade, no qual os diversos Departamentos difundem conhecimentos atualizados e de interesse ampliado para cidadãos acima de 60 anos.
Cabe destacar o recém-iniciado Projeto Assunção. Idealizado e desenvolvido por alunos da FMUSP, contando com a participação de graduandos de outras Unidades, sob orientação docente do Departamento de Medicina Preventiva, o projeto desenvolve atividades de promoção da saúde e redução de vulnerabilidades por meio da educação popular.
O Programa A Universidade e as Profissões (UniPró), realizado com outras Unidades da USP, é voltado para alunos de ensino médio da rede pública e tem como objetivo apresentar o curso e a profissão médica a esses alunos, bem como os Cursos de Fisioterapia, Fonoaudiologia e de Terapia Ocupacional, com visitas monitoradas à Unidade e participação na Feira das Profissões, organizada anualmente nos campi da USP.
