A Prática de Fisioterapia no Brasil iniciou-se em 1919, quando foi fundado o Departamento de Eletricidade Médica pelo Professor Raphael de Barros da FMUSP.
Em 1929, o médico Waldo Rolim de Moraes instalou o serviço de Fisioterapia do Instituto de Radium “Arnaldo Vieira de Carvalho”, localizado nas instalações do Hospital Central da Santa Casa de Misericórdia. Foi também ele quem planejou e instalou, no HCFMUSP, o Serviço de Fisioterapia do HC FMUSP em 1951, e que planejou o primeiro Curso de Fisioterapia do Brasil, patrocinado pelo centro de estudos Raphael de Barros, cujo objetivo era formar técnicos em fisioterapia. Suas instalações eram no 7° andar do Instituto Central do HCFMUSP e as aulas eram ministradas pelo corpo docente e médicos do próprio hospital.
Em 1958, a Lei Estadual nº 5.029 criou o Instituto Nacional de Reabilitação (INAR) anexo à Cadeira de Ortopedia e Traumatologia, em convênio com a Organização Mundial da Saúde (OMS), da Organização Panamericana de Saúde (OPAS) e da World Confederation for Physical Therapy (WCPT). O Instituto pôde, dessa forma, abrigar o primeiro Curso de Fisioterapia com padrão internacional mínimo e duração de dois anos. Logo depois, ainda em 1958, o INAR passou a denominar-se Instituto de Reabilitação (IR), mantendo-se vinculado à Cadeira de Ortopedia e Traumatologia (FMUSP). O IR tinha duas atribuições: a primeira, assistencial, voltada para o atendimento de portadores de incapacidades físicas por meio de programas integrais de reabilitação e a segunda vinculada diretamente ao ensino, com a organização de cursos regulares para a formação de profissionais nos diferentes campos da reabilitação. Constituíram-se, dessa forma, os cursos técnicos de Fisioterapia, Terapia Ocupacional, Órteses e Próteses e Locomoção de Cegos.
A regulamentação do Conselho Federal de Educação, expressa no Parecer 388/63, reconheceu os Cursos de Fisioterapia e definiu que os mesmos deveriam ter três anos de duração, que permaneceu até 1979 e no ano seguinte, passou para quatro anos.
Os cursos inicialmente propostos por esse grande acordo entre o HCFMUSP e seus parceiros externos puderam amadurecer acadêmica e institucionalmente. Nesse sentido, a formalização dos cursos assim oferecidos e sua inserção na estrutura da USP pôde se explicitar ao longo da década seguinte, por meio da portaria USP nº 347, de 7 de abril de 1967, os cursos de Fisioterapia e Terapia Ocupacional do Instituto de Reabilitação do HCFMUSP foram oficialmente regulamentados.
O Decreto-Lei 938 de 13 de outubro de 1969 (data esta que deu origem ao dia do Fisioterapeuta) representou um marco importante para a Fisioterapia. O Art. 2° define que os fisioterapeutas diplomados por escolas e cursos reconhecidos são profissionais de nível superior e o Art. 3° define como sendo atividade privativa do fisioterapeuta executar métodos e técnicas fisioterapêuticas com a finalidade de restaurar, desenvolver e conservar a capacidade física do paciente.
Os profissionais do Curso de Fisioterapia da FMUSP tiveram papel relevante na consolidação da profissão no país. Associando-se aos profissionais da Terapia Ocupacional, foram criados os Conselhos regulamentadores das profissões, o Conselho Federal de Fisioterapia e Terapia Ocupacional (COFFITO) e os Conselhos Regionais de Fisioterapia e Terapia Ocupacional (CREFITOs), pela Lei n. 6.316 - de 17 de dezembro de 1975.
O Curso de Fisioterapia da FMUSP acompanhou as mudanças da carga horária e da grande expansão do campo de atuação do fisioterapeuta, entretanto, o Currículo Mínimo da Fisioterapia foi somente aprovado em 28 de fevereiro de 1983 através do Parecer n. 622/82 do Conselho Federal de Educação. O novo Currículo Mínimo para os cursos de Fisioterapia, com 3.240 horas a serem cumpridas em um período mínimo de quatro anos e um conjunto de disciplinas que asseguravam a formação de profissionais com perfil generalista, se opunha à visão de reabilitação imposta pelo currículo existente até então.
Outra conquista para a profissão foi a instituição das Diretrizes Curriculares Nacionais do Curso de Graduação em Fisioterapia após quatro anos de discussão, por meio da Resolução do CNE/CES 4, de 19 de fevereiro de 2002. Estas diretrizes definem os princípios, fundamentos, condições e procedimentos da formação de fisioterapeutas, estabelecidas pela Câmara de Educação Superior do Conselho Nacional de Educação, para aplicação em âmbito nacional na organização, desenvolvimento e avaliação dos projetos pedagógicos dos Cursos de Graduação em Fisioterapia das Instituições do Sistema de Ensino Superior. O Curso de Graduação em Fisioterapia da USP seguiu as recomendações das Diretrizes tendo como perfil do formando egresso/profissional o Fisioterapeuta generalista, humanista, crítico e reflexivo, capacitado a atuar em todos os níveis de atenção à saúde, com base no rigor científico e intelectual.
Contribuindo para o fortalecimento da profissão, atores importantes do Curso de Fisioterapia da FMUSP participaram na criação das associações de classe: a Associação Paulista de Fisioterapia fundada em 1956 e em 19 de agosto de 1958 criada a Associação Brasileira de Fisioterapeutas que imediatamente teve o reconhecimento da organização mundial de Fisioterapia - World Confederation for Physical Therapy (WCPT) e ambas tiveram o grande papel de agregar os profissionais que à época não passavam de 500.
O início da década de 1990 trouxe novidades. As instalações do Curso de Fisioterapia foram transferidas para um prédio próprio na Cidade Universitária, reivindicação antiga de docentes e alunos. Em dezembro de 1999, vimos uma meta de muitos anos sendo alcançada: a criação do Departamento de Fisioterapia, Fonoaudiologia e Terapia Ocupacional da FMUSP. Em 2005 teve início o Programa de Pós-graduação stricto sensu em Ciência de Reabilitação, trazendo incremento para as pesquisas e desenvolvimento de laboratórios de investigação do Curso de Fisioterapia da USP. Em 2012 foi inaugurado um prédio (Bloco Didático) para ensino teórico e prático.