Dentro do princípio de desenvolvimento de aptidões oferecido pelo currículo nuclear, as Ligas Assistenciais são mais uma forma de integração dos acadêmicos à prática clínica, pois há oportunidade de aperfeiçoamento da prática na propedêutica específica, além de inserir os alunos em discussões clínicas multidisciplinares e em projetos de pesquisa e trabalhos científicos desenvolvidos com a supervisão de docentes, que participam dessas atividades das Ligas. As Ligas do Departamento oferecem de 6 a 12 vagas e são representadas por:

1. Liga de Prevenção e Controle do Câncer do Esôfago, Estômago e Intestino Delgado (LEEID). Responsável: Prof. Dr. Bruno Zilberstein.
2. Liga de Cirurgia Laparoscópica. Responsável: Prof. Dr. Claudio J.C. Bresciani.
3. Liga de Cirurgia do Fígado e Hipertensão Portal. Responsável: Prof. Dr. William A. Saad.
4. Liga de Coloproctologia. Responsável: Prof. Dr. Sergio Carlos Nahas.
5. Liga de Cirurgia de Vias biliares e Pâncreas. Responsável: José Eduardo Monteiro da Cunha.
6. Liga de tratamento de obesidade mórbida. Responsável: Arthur B. Garrido.
7. Liga de Transplante de Fígado. Responsável: Prof. Dr. Luiz A. Carneiro D´Albuquerque.

Anualmente, a Disciplina de Cirurgia do Aparelho Digestivo organiza um Curso de Introdução às Ligas, chamado "GASTRINHO", com a participação dos docentes da Disciplina, voltado aos alunos do 2º ao 6º anos.