As disciplinas optativas tratam de assuntos específicos, de maneira mais aprofundada, estimulando a inserção do aluno em projetos de iniciação científica com possibilidade de financiamento, por meio de bolsas, por agências de fomento à pesquisa científica.

Dentro do Currículo Nuclear adotado pela FMUSP, o Departamento de Gastroenterologia oferece as seguintes Disciplinas Optativas aos alunos da graduação do 2º ao 6º ano do curso médico: