A Comissão é coordenada por um grupo de gestores, um coordenador geral, o 1º vice coordenador geral, o 2º vice coordenador geral e a Comissão Executiva de Residência Médica (CoExRM). Os membros são assim designados: um coordenador administrativo, um coordenador de comunicação, um coordenador pedagógico e um coordenador de recursos humanos e os respectivos suplentes para cada cargo. O grupo se reúne a cada 15 dias. Uma sessão plenária é realizada na última quarta-feira de cada mês, com a participação de todos os supervisores de programas e representantes de Residentes Médicos para deliberações conjuntas.
