A Faculdade de Medicina e o Hospital das Clínicas gerenciam, em conjunto, uma rede de 38 núcleos multiusuários, que colocam à disposição de pesquisadores do Brasil e do exterior equipamentos de última geração e técnicas (http://www.premium.fm.usp.br). A Rede dispõe de uma ressonância magnética de 7 Tesla, uma UTI animal e tanques de zebra fish, entre outros. Esse patrimônio foi construído com recursos da FAPESP, FINEP, FFM e, CNPq, entre outros.

Os pesquisadores também contam com o Centro de Armazenamento de Amostras Biológicas - CAAB com infraestrutura adequada para receber até 110 ultra freezers -80ºC e a Unidade de Criopreservação e Biorrepositório para armazenamento de amostras em nitrogênio líquido, atualmente com capacidade para mais de 100.000 amostras. A Faculdade tem ainda o Serviço de Apoio à Pesquisa Pré-Clínica - Biotério Central, integrante da Rede de Biotério da USP e da REBIOTERIO - Rede Nacional de Biotérios de Produção Animal do CNPq que fornece animais para pesquisa e presta serviços para controle de qualidade sanitária e genética animal, entre outros serviços relacionados.