As atividades de ensino e pesquisa no CSEB são parte primordial da responsabilidade da instituição. O CSEB tem servido desde a sua origem de campo para formação de profissionais e pesquisa no campo da saúde pública. Mais recentemente, com a ampliação do ensino da atenção primaria na graduação e na especialização das carreiras da saúde, o CSEB passou a ser procurado por uma gama de cursos, propiciando a integração de disciplinas e alunos.

 Em 2008 foi proposta uma Comissão de Ensino e Pesquisa n CSE com o objetivo de constituir um espaço para fomento e organização das atividades, propiciando melhor desenvolvimento de estágios e pesquisas, estimulando atividades interdisciplinares, fornecendo oportunidade de sistematização de instrumentos de trabalho e documentação.

Em 2021, com a atualização do Regimento Interno do CSEB e uma nova organização do serviço com a implantação do Termo de Cooperação Secretaria Municipal de Saúde (SMS) - USP, o Conselho Diretor deve coordenar as atividades de ensino e pesquisa no CSEB e um Grupo Técnico de Ensino e Pesquisa (GTPE) se responsabiliza pelo andamento e apoio aos trabalhos.