O período entre 1999 e 2015 - onde houve a possibilidade do Curso de Fonoaudiologia e da Disciplina de Fonoaudiologia (iniciada em 2001, com o primeiro professor titular para a área) se desenvolver - foi determinante para a grande expansão das atividades assistenciais, para a maturidade acadêmica e para a autonomia em gerenciamento de pesquisas.

Desde 1996 os docentes e alunos do Curso de Fonoaudiologia da FMUSP estão ativamente envolvidos, junto aos órgãos de fomento internos e externos à universidade, na geração de pesquisas e bolsas financiadas. Nosso pensar é o de busca do desenvolvimento de projetos de pesquisa específicos, assim como aqueles multi e interdisciplinares, que tenham como meta a geração de conhecimento e transferência de tecnologia de aplicação relevante no âmbito regional, nacional e internacional (atualmente temos bolsistas de pós-doutorado em vários países estrangeiros, e foram firmados convênios oficiais com diferentes países).

Em relação às ações de solidariedade, a Fonoaudiologia FM se destaca pela significativa contribuição para a formação continuada de professores no Brasil e na América do Sul através de aulas, palestras, conferências, cursos e simpósios ministrados, assim como, pelo oferecimento de estágios técnico-científicos nos laboratórios de pesquisa e no complexo do Hospital das Clínicas (onde recebemos grande número de profissionais de outros estados e outros países).

No que se refere à nucleação, o número de titulados mestres e doutores fonoaudiólogos continua em progressão, mantendo-se o inquestionável papel de excelência e destaque que os orientadores permanentes do nosso Programa desempenham junto à comunidade nacional e internacional. Parte significativa dos nossos egressos vem sendo aprovados nos concursos das universidades federais nos últimos anos. Temos dois alunos de pós-doutoramento que foram aprovados como docentes em universidades americanas.

Outro aspecto importante destacar é que parte dos nossos egressos são assistentes técnicos de nível superior na própria USP; são funcionários fonoaudiólogos em Hospitais e Clínicas que compõem o Sistema Único de Saúde, incluindo alguns que atuam nas forças Armadas, como Aeronáutica, por exemplo. Há ainda um significativo número de egressos que atuam na rede privada de atenção à saúde.

As docentes do Curso de Fonoaudiologia atuam ativamente na área acadêmica-administrativa do Departamento de Fisioterapia, Fonoaudiologia e Terapia Ocupacional, ocupando cargos de destaque, desde a fundação do Departamento. Abaixo, segue relacionado as professoras que exerceram o cargo de Chefe de Departamento: