As sementes do Departamento de Obstetrícia e Ginecologia da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo foram plantadas na transição dos séculos XIX e XX influenciadas, inclusive, por leis que remontam ao Brasil Império.

Em 1884, surgia a obrigatoriedade do ensino de Obstetrícia nos cursos médicos do Império. Em 26 de abril de 1900,  por decreto estadual , foi autorizado o ensino de Odontologia e Obstetrícia na Escola de Fármácia de São Paulo, que passou-se a se chamar no ano seguinte de Escola de Escola de Farmácia, Odontologia e Obstetrícia. O curso de Obstetrícia era ministrado em 2 anos, sendo o Prof. Braulio Joaquim Gomes o responsável pelo 1o. ano, e o Prof. Sylvio Azambuja de Oliva Maya o responsável pelo 2o. ano. Em 1894, Braulio Gomes deparou-se na rua com uma parturiente humilde e, penalizado com seu sofrimento, levou-a para sua própria casa, na Rua Antonio Prado (hoje Bráulio Gomes), onde lhe deu assistência ao parto. No mesmo dia, reuniu um grupo de senhoras da alta sociedade paulistana e organizou a Associação Protetora da Mãe Pobre, que viria a financiar a Maternidade São Paulo, que se transferiria primeiro para a Ladeira Santa Ifigênia e depois em 1904 para a Rua Frei Caneca.

Em 1913, ocorria a aula inaugural da Faculdade de Medicina e Cirurgia de São Paulo, comandada pelo Prof. Arnaldo Vieira de Carvalho. Este logo percebeu na Escola de Parteiras de Sylvio Maya e na Maternidade São Paulo o ambiente ideal para o ensino de Obstetrícia da nova Faculdade.

A história do Departamento de Obstetrícia e Ginecologia da Faculdade de Medicina e Cirurgia de São Paulo teve início em 31 de outubro de 1917, quando a Congregação da Faculdade de Medicina e Cirurgia de São Paulo indicou Arnaldo Vieira de Carvalho para Lente Catedrático de Ginecologia e Sylvio Maya para a cátedra de Obstetrícia. Então começaram a ser constituídas as estruturas administrativas e acadêmicas de ambas as Disciplinas além de seus Corpos Clínicos.

A Clínica Ginecológica era a 4ª Cadeira do 5º ano, o último do Curso Curricular. O novo Catedrático, Chefe da 1ª Enfermaria de Mulheres da Santa Casa, onde foi instalada a nova Clínica ginecológica, proferiu sua aula inaugural no salão nobre da Santa Casa, em 4 de março de 1918.

No exercício de seu cargo de Professor, que acumulava com o de Diretor da Instituição, Dr. Arnaldo revelou seus dotes de grande cirurgião. Seus assistentes foram José Ayres Netto, Egidio de Carvalho e Nazareno Orsesi. Manoel Feliciano de Carvalho era o anestesista da equipe cirúrgica, tendo sido o primeiro a empregar o clorofórmio em operações. "Se há exagero em afirmar que Arnaldo Vieira de Carvalho foi o criador da ginecologia operatória entre nós, é incontestável que foi aqui o vulgarizador das grandes intervenções ginecológicas", no dizer de Moraes Barros. Dr. Arnaldo foi paraninfo da 1ª turma de doutorandos da Faculdade, em 1918. Foi um prêmio merecido àquele que dedicara grande parte de sua vida à Instituição. Eis, a seguir, um trecho do discurso do ilustre paraninfo. "Norteados por interesse ou por vocação, ides partir levando, a mais do que levamos nós, o sério encargo de levantar bem alto uma nova fama - a reputação da Faculdade de que sois os primeiros arautos pelo mundo fora".  As gestões de Arnaldo Vieira de Carvalho como Diretor e Lente Catedrático de Ginecologia encerraram-se prematuramente. Sua morte ocorreu em 5 de junho de 1920, alguns meses depois de ter, em 25 de janeiro do mesmo ano, presidido a cerimônia de lançamento da pedra fundamental do edifício atual da Faculdade de Medicina, no bairro de Araçá.

Após o falecimento do primeiro Professor da Clínica Ginecológica da Faculdade de Medicina e Cirurgia de São Paulo, assumiu a regência da Cátedra seu 1º assistente, Doutor José Ayres Netto. Naquela época, esboçou-se na Faculdade movimento visando a não realização do concurso para o preenchimento da vaga em questão, entregando-se o cargo ao regente em exercício. Reunida a Congregação da Faculdade, este órgão colegiado resolveu pela realização de concurso e consequente eleição de Nicolau de Moraes Barros.

Enquanto isso, a Clínica Obstétrica também se estruturava sob o comando do Prof. Sylvio de Oliva Maya, que era desde 1899 o diretor clínico da Maternidade São Paulo, primeira instituição de Obstetrícia criada em São Paulo, que em 1908  inaugurava seu próprio curso de enfermagem obstétrica. Em 1912 surgia a Escola de Parteiras de São Paulo, sob a coordenação do Prof. Sylvio de Oliva Maya, com a assistência de um jovem médico, Raul Carlos Briquet, que viria a substituí-lo anos mais tarde. Assim, em 1917, a Cadeira de Obstetrícia se uniu à iniciativa da Escola de Parteiras e passou a ocupar um pequeno prédio anexo situado nos fundos da Maternidade São Paulo, contando com 12 leitos. Raul Briquet obteve sua livre docência em 1914, com apenas 28 anos, e veio a substituir o Prof. Sylvio Maya em 1925. Já sob seu comando, a Clínica Obstétrica se transferia em 1932 para sua nova sede, junto à Faculdade de Medicina e Cirurgia de São Paulo, na Av. Dr. Arnaldo, no Araçá.

Em 1944, a Clínica Obstétrica passa a ocupar o recém-construído prédio do Hospital das Clínicas da, já assim nomeada, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. No mesmo ano, Nicolau de Moraes Barros se aposenta, não sem antes ter estruturado o ensino de Ginecologia na Faculdade, embasando-o com programas específicos e sendo sucedido pelo Professor José Bonifácio Medina.

Em 1948, a Clínica de Ginecologia também passa a ocupar o 10º andar do prédio do Hospital das Clínicas. Lado a lado com a Clínica Obstétrica, onde permanecem até hoje.

Antes da aposentadoria do Professor Medina, houve uma reforma da carreira universitária, através da Lei de Diretrizes e Bases, que extinguiu as Cátedras e estabeleceu os Departamentos, integrados por Disciplinas, como unidades mínimas de estrutura das Faculdades. Na ocasião, encontrava-se vaga a Cátedra de Clínica Obstétrica, em virtude do falecimento do Professor Raul Briquet no ano de 1953. Criou-se assim o Departamento de Obstetrícia e Ginecologia, tendo a Congregação atribuído ao Professor José Medina a Direção do Departamento, integrado pelas Disciplinas de Obstetrícia e Ginecologia.

Constituído o Departamento, a Chefia de Clínica Ginecológica foi exercida pelo Professor José Galucci e a de Clínica Obstétrica, pelo Professor J. Onofre de Araújo e, após a aposentadoria deste, foi assumida pelo Professor Domingos Andreucci.

Em 1965, criou-se no Hospital das Clínicas a Residência Médica do Departamento de Obstetrícia e Ginecologia.

Em 1970, assumiu a Regência da Disciplina de Ginecologia o Professor José Galucci. E, apenas 6 meses depois, o cargo de Professor Titular de Ginecologia foi assumido, via concurso, pelo Professor Carlos Alberto Pastore. Na Disciplina de Obstetrícia, em 1972, assumiu o cargo de Titular o Professor Bussâmara Neme, que havia sido médico-interno e indicado a professor-assistente de Obstetrícia ainda pelo Professor Catedrático Raul Briquet.

Acompanhando o Professor Neme desde 1970 ainda enquanto este chefiava a Casa Maternal e da Infância, o Professor Marcelo Zugaib tornou-se residente, professor-assistente e professor-adjunto da Clínica Obstétrica e já estava sendo preparado para sucedê-lo, o que se concretizou em 1986 após concurso realizado um ano após a aposentadoria compulsória do Professor Bussâmara Neme.

Na Disciplina de Ginecologia, após a aposentadoria do Professor Carlos Alberto Pastore, em 1988, assume a titularidade o Professor José Aristodemo Pinotti, voltando assim à casa onde havia se formado em 1958, após haver feito sua carreira acadêmica como doutor, livre docente e Professor Titular de Obstetrícia e Ginecologia na Universidade de Campinas, onde também foi Diretor da Faculdade de Ciências Médicas e Reitor.

Após sua aposentadoria, sucedeu-se por concurso em 2005 o Prof. Edmund Chada Baracat, que tinha feito sua carreira acadêmica na Universidade Federal de São Paulo, onde realizou mestrado (1984) , doutorado (1985), livre-docência (1991), sendo Professor titular de Ginecologia (1994) e Pró-Reitor de Graduação (2004-2005).