O Sistema Acadêmico de Saúde Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FMUSP) e Hospital das Clínicas (HCFMUSP) presta assistência completa em todos os níveis de atenção à saúde. Sendo o mais antigo sistema de saúde universitário brasileiro e o maior da América Latina. Seu principal objetivo é oferecer ensino, pesquisa, assistência e atividades de cultura e extensão, com ênfase na multidisciplinaridade e na multi-institucionalidade. Na Faculdade de Medicina, acontecem as aulas teóricas e toda a parte acadêmica, já o Hospital das Clínicas é especializado no atendimento de alta complexidade (atenção terciária/quaternária), referência na assistência em casos graves. Complementam, ainda, o Sistema: o Hospital Universitário da USP de média complexidade (atenção secundária); as unidades especializadas Serviço de Extensão ao Atendimento de Pacientes HIV/Aids, o Centro de Saúde Escola Butantã e Unidades Básicas de Saúde (atenção primária); o Centro Integrado de Medicina Translacional; o Instituto de Medicina Tropical da USP; e as instituições de apoio Fundação Faculdade de Medicina e Fundação Zerbini.
As instâncias superiores do Sistema Acadêmico de Saúde FMUSP-HC são a Congregação da Faculdade de Medicina e o Conselho Deliberativo do Hospital das Clínicas, ambos presididos pelo Diretor da FMUSP. A Congregação da FMUSP tem função consultiva e deliberativa e é assessorada pelas Comissões de Graduação, Pós-Graduação, Pesquisa, Cultura e Extensão, Residência Médica e Relações Internacionais. O Conselho Deliberativo do HCFMUSP define as diretrizes da assistência médico-hospitalar de nível terciário e é composto por dez representantes dos professores titulares da FMUSP, eleitos por seus pares.
Desde a fundação da Faculdade de Medicina, em 1912, o primeiro diretor, Dr. Arnaldo Augusto Vieira de Carvalho, já tinha como ideia um modelo de ensino associado à assistência médica e à pesquisa. Proposta essa que foi consolidada mediante convênio firmado entre a Fundação Rockfeller e o Governo do Estado de São Paulo, que estabeleceu diretrizes para a expansão das atividades da Faculdade, com financiamento de recursos, apoio logístico, concessão de bolsas de estudos no exterior e, inclusive, com subsídios para a vinda de docentes estrangeiros lecionarem no Brasil. Decorrente desse acordo, o Prédio Principal da FMUSP foi inaugurado em 1931, e as obras do hospital-escola iniciadas em 1938, porém só foram concluídas em 1944. Surgiu assim, o Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, com propósitos alinhados aos de Dr. Arnaldo Vieira de Carvalho, para o aprimoramento dos estudantes e assistência médica gratuita à população carente da capital e do interior. Hoje, como uma autarquia especial do Governo de São Paulo, vinculada à Secretária de Estado da Saúde para fins de coordenação administrativa e subordinado à FMUSP para fins de ensino, pesquisa e prestação de serviços de saúde à comunidade, o Hospital das Clínicas da FMUSP que se consolidou como referência de produção e difusão de conhecimento técnico-científico, excelência em ensino e saúde pública.
