A Mentoria FMUSP funciona na modalidade grupal. Cada grupo é composto por 1 mentor (professor FMUSP/médico HC) + 1 mentor Jr (veterano último ano/residente) + alunos inscritos (no início de cada ano). Os grupos se reúnem uma vez por mês, em dia, horário e local escolhidos pelos próprios membros. Nos encontros, os alunos são encorajados a partilhar o seu cotidiano e a refletir sobre a profissão/si mesmos ao longo da formação médica. Cada ciclo de mentoria dura 1 ano (8 encontros no total, 4 encontros em cada semestre), sendo necessária nova inscrição a cada ano.