Nos últimos anos, o Escritório de Inovação da FMUSP tem trabalhado em conjunto com a Agência USP de Inovação para melhorar a proteção da Propriedade Intelectual.
A FMUSP deposita, em média, 4 patentes por ano. Em 2016 foi depositada nos EUA patente em conjunto com instituição internacional parceira. Essa patente transformou-se na primeira transferência de tecnologia internacional da FMUSP. A FM tem três patentes frutos de parcerias de pesquisa com empresas nacionais. A FMUSP tem hoje cinco patentes depositadas no exterior, uma delas a vacina da Aids.
O docente da FMUSP deve comunicar sua invenção à Agência USP de Inovação através do Sistema http://www.inovacao.usp.br/comosolicitar/
O Escritório de Inovação está à disposição dos docentes, alunos de pós-graduação e de graduação para dúvidas quanto à patenteabilidade.