Toda relação com entidades externas à estrutura da USP deve ser regida por instrumento legal que regule os direitos e obrigações das partes.

Na área da pesquisa, os principais instrumentos são:

• Acordo de cooperação;
• Convênio Nacional e Internacional genérico, com objeto preponderante de pesquisa;
• Convênio para pesquisa segundo padrão pré-definido com o convenente;
• Termo de Transferência de Material;
• Acordo de Confidencialidade;
• Contrato de prestação de serviços de pesquisa e desenvolvimento (USP Contratada);
• Termo aditivo;
• Siconv ou outros sistemas oficiais - Projeto de Pesquisa.

O Escritório de Inovação e a Comissão de Pesquisa dão suporte aos docentes e pesquisadores na formalização desses ajustes e são responsáveis pela tramitação nos sistemas corporativos da Universidade de São Paulo no "e-convênios" ou "Portal Convênios".

Os instrumentos relativos à movimentação de alunos de graduação são tratados pela Comissão de Graduação e aqueles relativos à movimentação de alunos de pós-graduação são tratados pela Comissão de Pós-Graduação. Os acordos gerais são tratados pela Comissão de Relações Internacionais da FMUSP.