Dado seu perfil profissionalizante, o regime de trabalho mais frequente do docente FM é o Regime de Turno Completo (RTC), diferentemente das outras unidades da USP. A fim de estimular a adesão e permanência do docente no Regime de Dedicação Integral a Docência e a Pesquisa (RDIDP) a FMUSP instituiu, em 1998, o Programa de Incentivo à Produtividade Acadêmica (PIPA).
Nesse programa, após obter aprovação da Comissão Especial de Regimes de Trabalho da USP (CERT) para exercer atividades simultâneas por até 8 horas semanais, o docente em RDIDP recebe uma bolsa da Fundação Faculdade de Medicina para realizar consultoria em atividades de pesquisa. Tais atividades visam à integração entre a FMUSP e os Institutos que compõem o HC, premiando atividades acadêmicas de excelência.
O PIPA cumpre um papel institucional de apoio importante às atividades-fim, na medida em que inclui a produção de artigos científicos, patentes e capítulos de livro como critérios de produtividade. O estímulo ao aumento progressivo da qualidade da produção científica é realizado através da inclusão, nos critérios de avaliação, do número de citações do investigador, de seu índice h (ISI) e do fator impacto dos periódicos em que seus artigos são publicados.
Além das bolsas para docentes RDIDP há também uma modalidade que incentiva pesquisadores e técnicos vinculados aos laboratórios de pesquisa e que sejam contratados na modalidade de dedicação exclusiva para a pesquisa. Essa política tem refletido positivamente no crescimento da produção científica da unidade.
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