O Museu Histórico recebe anualmente mais de 100 grupos formados por alunos de Ensino Fundamental, Ensino Médio, cursos técnicos, universitários, vestibulandos, além de alunos de cursos de graduação e pós-graduação oriundos de todo o Brasil e do mundo, somando-se aos milhares de visitantes, percorrendo os seus núcleos temáticos e podendo optar por explorar as peças com ou sem o auxílio de um educador.

Os roteiros educativos são organizados a partir do interesse do público acolhido, de modo que possam ser contemplados, com maior ou menor profundidade, os seguintes tópicos: História das práticas médicas e de saúde; Arte e Medicina; Corpo e corporeidade; História social das doenças; História da Faculdade de Medicina e do Hospital das Clínicas; História do ensino e das práticas da Dermatologia em São Paulo; Identidade, reconhecimento e pertencimento histórico; Preservação e restauro do patrimônio histórico da FMUSP; Ceroplastia e a ilustração científica.