Criado em 1977 como Museu Histórico da Faculdade de Medicina, a instituição passou a se chamar Museu Histórico “Prof. Carlos da Silva Lacaz” - FMUSP em 1993, em homenagem a seu fundador, que foi um reconhecido médico e pesquisador da área de microbiologia e micologia médica, falecido em 2002 aos 86 anos de idade.  O projeto museológico instituído se deu em bases privadas, com apoio da elite médica paulista e de parte significativa dos professores e alunos da própria Faculdade.  Seu Diretor dedicou-se, a partir de então, a reunir material que lograsse traduzir uma “história oficial” médica e institucional no melhor da tradição da chamada História da Medicina, ou seja, uma narrativa pautada no ordenamento de marcos cronológicos da história política, além, dos chamados vultos da medicina e da saúde pública.

A partir de 2002 foi reestruturada as bases administrativas do Museu, então subordinada à   Comissão de Cultura e Extensão (CCEx). As bases constitutivas passaram a exigir que novas formas de organização do acervo viabilizassem estudos e pesquisas de cultura material e documental, no sentido de aproximá-lo mais da comunidade científica e expressar melhor suas inúmeras potencialidades como gerador de conhecimento histórico. Iniciado em 2007 com equipe renovada, o processo de revisão conceitual do Museu procurou se articular com essa conjuntura mais ampla da execução do projeto de restauro, cujas implicações certamente extrapolam muito a reforma física.

Uma das prioridades captadas pelo Museu, atualmente, volta-se para a sua interação com o público, quer seja ele de pesquisa, ensino ou de visitação. Busca-se ampliar os estudos do patrimônio cultural existente, no sentido de ser cada vez menos instrucionista e cada vez mais educativo. Isso quer dizer que a memorização que se buscava até então, ainda pouco afeita aos seus desígnios educativos, deve ser deslocada para uma vivência do próprio espaço e de sua materialidade cultural. Para isso uma série de atividades foi contemplada ampliando e aprofundando essa frequentação, transformando a relação estabelecida com o seu público, trazendo em cada uma dessas atividades, novas configurações capazes de suprirem os objetivos do Museu enquanto uma instituição pública e de ensino. Isso porque, a cultura material resgatada deve vincular-se à capacidade de desenvolvimento de conhecimentos, mas também de crítica e “reinvenção” do próprio passado. Desse modo considera-se que o processo museológico é um processo educativo e de comunicação, contribuindo para que cada cidadão possa ver a realidade e expressá-la, qualificando o patrimônio cultural existente como formador e produtor de conhecimento sobre o passado histórico.