O acervo do Museu Histórico da FMUSP é formado por uma ampla variedade de tipologias documentais e de objetos tridimensionais que ajudam a compreender as transformações históricas pelas quais passaram as artes de curar e as práticas médicas e de Saúde entre os séculos XIV e XXI. Dentre este rico acervo destacam-se as pinturas e gravuras, livros e periódicos, documento textuais, diplomas, fotografias, filmes, condecorações e premiações, vestuários, bustos, esculturas, mobiliário e, finalmente, uma série de aparelhos usados no exercício médico entre os séculos XIX e XX.

Tais conjuntos passam por um constante processo de identificação, organização, catalogação e conservação para que possam subsidiar as exposições temáticas e as pesquisas desenvolvidas por aqueles que procuram a instituição.