O Departamento de Infectologia e Medicina Tropical da FMUSP exerce sua gestão através da Chefia e suplência da Chefia do Departamento. Conta com um colegiado deliberativo, o Conselho do Departamento que, no exercício de suas atividades administrativas, acadêmicas e assistenciais conta com Comissões Assessoras responsáveis pela gestão das várias atividades-fim da Universidade. Suas atividades de ensino, pesquisa e extensão estão articuladas às da Divisão de Clínica de Moléstias Infecciosas e Parasitárias do Hospital das Clínicas da FMUSP. Do ponto de vista organizacional o Conselho do Departamento conta com as seguintes Comissões Assessoras: Comissão de Graduação, Comissão de Pesquisa, Comissão de Cultura e Extensão, Comissão de Pós-Graduação Lato Senso, Comissão de Pós-Graduação senso estrito, Grupo de Relações Internacionais e Comissão dos Laboratórios de Investigação Médica (LIM).