Os projetos de pesquisa analisados no quinquênio pela Comissão de Ética e Pesquisa do Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias estáo distribuidos por ordem decrescente nas seguintes áreas: Infecção por HIV/aids, Hepatites, Infecções endêmicas, Infecções hospitalares e Infecções em Imunodeprimidos, Terapia Intensiva, Imunizações, Acidentes por animais peçonhentos, infecções virais. Os projetos no setor privado representaram 11,4% do total, sendo 94,8% em hepatites e infecção por HIV/aids.
A avaliação da produção científica mostra 282 publicações no quinquênio 2005-2009, com uma média de 3,2 publicações por docente por ano e 49% das publicações em revistas classificadas como A1/A2 e 82% em A1/A2/B1 (CAPES, Medicina I). A média do índice de impacto variou 2,0 em 2005 a 3,1 em 2009.Os financiamentos obtidos pelos sete laboratórios de pesquisa nas várias agências de fomento totalizaram cerca de R$ 6 924 037,00 de 2004 a 2008.
O Departamento está envolvido na Rede Temática da USP de Doenças Negligenciadas e participa de projeto Temático Multidisciplinar em Patogenia da Interação Hospedeiro-Parasito (Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia do CNPq), envolvendo a FMUSP e 4 unidades da USP,UNESP, UNB, UFMG, UFRJ, UFSE, PUCRGS.FIOCRUZ, Instituto Ludwig Pesquisa sobre o Câncer, IIEP Albert Einstein. Desenvolve vários projetos com outras instituiçoes universitárias na área de Infecções endêmicas em Transplantes- USP – FM, UFU, UFCE, UFMG, Infecções em Imunodeprimidos - UFUberlândia, USP-FMRP, Unicamp, UFMT e Medical Mycology Research Center, Chiba University, tendo convênios acadêmicos: Harvard Medical School - pesquisa HIV e trato genital, London School of Hygiene and Tropical Diseases – Department of Infectious and Tropical Diseases.
