A missão do Departamento contempla a atuação em atividades de ensino, pesquisa e extensão, buscando:

Destaca-se como parte das atividades de extensão, a assistência qualificada no âmbito da Infectologia, executada em consonância com os objetivos de ensino e pesquisa, definidos pelo Departamento de Moléstias Infecciosas e Parasitárias. A missão do Departamento é integralmente articulada com a missão da Faculdade de Medicina, que abrange a formação geral do profissional médico e de saúde em todas as suas áreas de competência, e do Hospital das Clínicas da FMUSP, cuja missão é ser instituição de excelência reconhecida e internacionalmente em ensino, pesquisa e atenção à saúde.

A visão do Departamento é ser referência nacional e internacional na área, gerar conhecimento mantendo linhas de pesquisa originais e de alta qualidade e ser modelo de formação de médicos, especialistas, docentes e pesquisadores, além de ser um centro de excelência em assistência vinculado ao ensino e à pesquisa de doenças infecciosas e parasitárias, promovendo o trabalho multiprofissional e a humanização no atendimento ao paciente.